社長である役員が会社から、ご自身の給料とは別にお金を抜いてしまったら、どうなるのか・・
役員報酬（賞与）
役員の給料は期首から3カ月以内に1年先の月額給料を決めます。
それ以外に給料は出せません。
賞与については、事前に「これだけ役員（社長）に賞与を出します」と税務署に届け出ます。
これを事前確定届出給与といいます。
・月額給与
・事前確定届出給与
意外には基本的に、会社の経費になりません。
私的流用した金額が給料と税務署に認定されてしまうリスクがあります。
こうなると
・会社で経費にならない（月額給与にも事前確定届出給与にも該当しないため）
・源泉税漏れ（ペナルティあり）
・社長の所得税、住民税（これは自分のせいでしょうけど）
の問題がでてきます。
社長への貸付
私的流用分を社長への給料を認定されてしまうと痛いです。
なので会社から社長個人に貸し付けている処理にして、返済実績を作っていくことも方法です。
月々の給料と相殺していくのも方法ですね。
貸し付けになってくれれば、社長への給料となったときの先程も挙げたリスクは無くなります。
・会社で経費にならない（月額給与にも事前確定届出給与にも該当しないため）
・源泉税漏れ（ペナルティあり）
・社長の所得税、住民税（これは自分のせいでしょうけど）
きちんと返済する意思と返済実績は大切でしょうけど。
役員退職金？
株主や役員が数名いるような会社でのケースになります。
私的流用した社長（役員）には、いっそのこと退任してもらうこともあるでしょう。
今まで流用したお金を退職金として処理することができれば、別途退職機を支払わなくて済みます。
ただ、私的流用したことでお金は先に出しています。
「お金を先に払って（私的流用）その後退任したのに退職金っておかしくないか？」という純粋な疑問は残ります。
役員退職金となれば、
・会社は経費（べらぼうに高額でなければ）
・私的流用なので先に支給したことで源泉税の漏れは免れない？
・私的流用した役員は退職所得のため税金の恩恵はある
と役員報酬になるよりは、遥かにマシです。
まとめ
社長への貸付とするのが税金の負担はないので良いです。
ですが返済できる額であればという条件でしょうか。
数千万単位での私的流用の場合は、返済や給料との相殺でも返せない可能性もありますよね。
まあ最初から私的流用しなきゃいいのですが・・(笑)
